Debido a un conflicto diplomático, el Imperio de Britannia decidió comenzar una guerra e invasión contra Japón. Gracias a unas nuevas armas llamadas Knightmares Frames, Britannia conquistó su territorio y la renombró con el nombre de Área 11. Esto supuso que a los japoneses le fueran despojados parte de sus derechos, siendo tratados como ciudadanos de segunda con el nombre de “elevens”. 

Siete años después, la población sigue sometida al yugo de la superpotencia extranjera, aunque existen algunos focos de resistencia que llevan a cabo actos terroristas contra los ciudadanos britannianos. En torno a esto un estudiante llamado Lelouch, que se encontraba faltando a clase, se involucra por accidente con uno de estos grupos terroristas. En concreto, ellos estaban siendo perseguidos por las fuerzas del imperio tras robar una cápsula que supuestamente contiene un gas venenoso. Nuestro protagonista descubre que en la cápsula hay, en realidad, una mujer. Pero antes de poder decir o hacer nada, llegan las tropas de Britannia que intentan asesinarlo por descubrir lo que contenía. Antes de que ellos dispararan, la mujer le concede un poder llamado Geass.  Con este poder capaz de doblegar la voluntad de las personas se propone acabar con Britannia y con su padre, el emperador.